1985年，《国务院批转国家科委、教育部、中国科学院关于试办博士后科研流动站报告的通知》（国发[1985]88号）中规定，由国家拨款专款设立博士后科学基金。设立中国博士后科学基金，旨在资助博士后研究人员中的优秀者，以利于他们完成科研工作任务，并迅速成长为各类高水平专业人才，为我国科技、教育和经济的发展以及国防建设做出贡献。博士后基金作为一种制度安排，在申请、评审和管理的各个方面中都营造了促进博士后“出人才”、“出成果”的良好氛围，发挥了对部分有科研潜力和杰出才能的年轻优秀人才进行鼓励和支持的作用。

  1986年，中国博士后科学基金会根据国发[1985]88号文件规定的精神，制定了《国家博士后科学基金试行条例》。在执行过程中，根据实际情况和各方面反映的意见，多次发文进行补充和修改。1993年，中国博士后科学基金会在总结评审工作经验的基础上，对过去所发的各类评审文件进行了汇总，并进一步作了修改和补充，制定了《中国博士后科学基金资助条例》（以下简称《条例》），于1993年6月4日经中国博士后科学基金会第二届理事会第一次会议上讨论通过并开始执行。由于从1994年开始，博士后研究人员招收人数逐年大幅度增加，造成资助强度下降，同时，国家外汇管理规定也作了调整。在这种情况下，1993年制定的《条例》已不适应博士后事业的发展。经征求设站单位、专家和博士后研究人员的意见，于1996年下半年对《条例》进行了修改和补充。并于  1996年11月26日经中国博士后科学基金会第三届理事会第一次会议通过了现行的《条例》。 

  博士后科学基金虽然经费不多，但用在最有创造力、最有进取心、最富有活力的博士后身上，有限的资金发挥了独特的作用，产生了较好的效益。1994年-2000年的六届共60位中国优秀博士后奖获得者，都在不同时期获得过博士后科学基金的支持。

  到2001年底为止，已经进行了30批资助金的评审工作，共有5651位博士后获得资助，总资助金额为人民币4129.10万元，外汇235.66万美元（前20批有美元资助，现仅为人民币资助）。　　由于博士后发展规模、物价水平和整体环境的变化，目前博士后科学基金的使用和管理面临着许多实际困难，其对博士后事业发展的推动作用也不断减弱。当前，中国博士后科学基金会在充分调查研究的基础上，正与有关部门商议，在较大幅度提高博士后科学基金投入力度的同时，改革和完善博士后科学基金资助办法。改变单一、平均的资助方式，采取点、面结合的办法，增设重点科技开发项目、西部博士后资助项目，争取使整体资助比例保持在30%-40%，资助强度有所提高。